急性髓系白血病mRNA与非编码RNA差异表达谱及CeRNA调控网络分析

利用GEO数据库(gene expression omnibus database)通过生物信息学分析方法探讨急性髓系白血病(acute myelogenous leukemia,AML)的发病机制。检索GEO数据库中AML相关芯片数据集GSE142698、GSE142699和GSE96535。利用GEO2R分析得到差异mRNAs、miRNAs以及差异lncRNAs。利用在线生物信息学分析工具DAVID对差异mRNAs进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用miRWalk数据库预测AML相关miRNAs的靶向mRNAs,利用Spongescan数据库预测AML相关miRNAs的靶向lncRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源RNA （competing endogenous RNA,ceRNA）调控网络。共筛选出29个显著差异mRNAs、70个显著差异miRNAs和20 005个显著差异lncRNAs。GO富集分析和KEGG通路分析显示,差异表达基因主要涉及蛋白磷酸化、细胞分裂、细胞增殖的负调控、基因表达的正向调节、周期蛋白依赖的丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节等生物过程以及细胞周期、细胞衰老、癌症通路、PI3K-Akt通路等信号通路。将miRWalk数据库预测的靶向mRNAs与差异mRNAs取交集,Spongescan数据库预测的靶向lncRNAs与差异lncRNAs取交集,分别确定了25个mRNAs、6个lncRNAs参与AML相关ceRNA调控网络的构建。结果表明,lncRNAs可能作为关键的ceRNA,通过调控miRNA和相关靶基因参与AML的发生与发展,研究结果为AML诊断和治疗的分子生物学研究提供了新的依据。     

燕山地区白头翁生境伴生植物资源调查与分析

调查与白头翁共存的伴生植物种类、相似性、生活型、分布区类型等,探讨其生态适应性和地理分布规律,针对性地提出白头翁资源保护利用建议,以期为燕山地区白头翁种质资源的保护和利用提供参考。采用访问调查、路线调查和典型样地调查法,对燕山地区白头翁生境伴生植物进行调查与分析。燕山地区从冀东的秦皇岛地区到冀北的承德地区都有白头翁的分布,多生于向阳的山地草坡上,喜光、耐旱、适于阳生性环境。白头翁生境伴生植物共56科128属164种,主要优势科为菊科（Compositae）、豆科（Leguminosae）、禾本科（Gramineae）、蔷薇科（Rosaceae）、唇形科（Labiatae）、百合科（Liliaceae）、毛茛科（Ranunculaceae）、萝藦科（Asclepiadaceae）等,其中乔木共5科5属7种,灌木共22科38属46种,草本植物共35科85属111种。调查的各样地间相似系数普遍较低,说明燕山地区不同地区白头翁生境差别较大,其伴生植物具有多样性的特点。伴生植物属的分布区类型可分为14个,群落具有明显温带性质。燕山地区白头翁生境多样性及伴生植物的多样性,反映出燕山地区白头翁生态适应多样性特点,有利于其引种栽培。     

又一种引致人体原发性皮肤毛霉病的非商温根毛霉属真菌

一年多以前,我们报道了一种引致人类原发性皮肤毛霉病的病原真菌Rm6并定名为多变根毛霉((Rhizomucor variabilis Zheng & G.-q. Chen)。最近我们又发现了它的另外一个变种Rm7。它是北京医科大学第一医院的王端礼教授分离的,原编菌号4873。Rm7的病人和Rm6的情况很相近。她也是一个女病人,来自农村,患的同样是原发性皮肤病而没有患有其他的毛霉病或其他疾病,她的病也没有传染给她的家人。不同的是,她来自我国北部的河北省而不是南部的江苏省;她的病史更长,达16年之久;她的病部在脸上而不是在手上,并造成进食困难。Rm7和Rm6的培养物相似,也是亮黄色,但比较低矮。它与Rm6一样是非高温真菌,最适、最高、最低温度同样分别是24-30, 38,和9℃形态上的亲缘性也是显而易见的:两者都有匍匐菌丝和较发达的假根;孢子枝也是假轴分枝;孢子囊壁也是缓慢消解;有很不规则形状的囊轴;有明显的囊领;都有大量厚垣孢子。Rm7与Rm6的主要区别在于:(1)假根只从匍匐菌丝和气生菌丝上长出而不从孢子枝、孢子囊或囊轴等各处长出;(2)孢子枝可连续分枝达7次之多;(3)孢子枝在分枝处往往有一个隔膜;(4)往往在10天以上的培养物中才出现不规则形状的囊轴;(5)从未见有囊托;(6)孢囊孢子形状较规则,较短而不超过11 μm;(7)孢子囊和囊轴均较小,直径相应不超过70及30 μm.因此,我们将Rm7鉴定为Rm6的一个变种,并定名为较规则多变根毛霉新变种(Rhizomucor variabilis var. regularior Zheng & G.-q. Chen var.nov.)。这样,在根毛霉属内可以承认的共计5种6分类群。     

DNA barcoding of Cymbidium by genome skimming: Call for next-generation nuclear barcodes

Cymbidium is an orchid genus that has undergone rapid radiation and has high ornamental, economic, ecological and cultural importance, but its classification based on morphology is controversial. The plastid genome (plastome), as an extension of plant standard DNA barcodes, has been widely used as a potential molecular marker for identifying recently diverged species or complicated plant groups. In this study, we newly generated 237 plastomes of 50 species (at least two individuals per species) by genome skimming, covering 71.4% of members of the genus Cymbidium. Sequence-based analyses (barcoding gaps and automatic barcode gap discovery) and tree-based analyses (maximum likelihood, Bayesian inference and multirate Poisson tree processes model) were conducted for species identification of Cymbidium. Our work provides a comprehensive DNA barcode reference library for Cymbidium species identification. The results show that compared with standard DNA barcodes (rbcL + matK) as well as the plastid trnH-psbA, the species identification rate of the plastome increased moderately from 58% to 68%. At the same time, we propose an optimized identification strategy for Cymbidium species. The plastome cannot completely resolve the species identification of Cymbidium, the main reasons being incomplete lineage sorting, artificial cultivation, natural hybridization and chloroplast capture. To further explore the potential use of nuclear data in identifying species, the Skmer method was adopted and the identification rate increased to 72%. It appears that nuclear genome data have a vital role in species identification and are expected to be used as next-generation nuclear barcodes.     

《中国真菌志》50年编研成果及展望

历经几代真菌人的艰苦奋斗,《中国真菌志》目前已出版65卷,其中子囊菌类有35卷、担子菌类26卷、接合菌类1卷、卵菌1卷、黏菌2卷;上述卷册记录923属9 228种及种下分类群。编研涉及大型和小型的类群、腐生菌、食药用菌、菌根真菌、作物和林木病原菌、捕食性真菌、虫生菌、菌生真菌以及毒菌等。编研过程中发现并发表了大量新分类群,丰富了对菌物物种多样性的认知。归纳已有成果,已立项卷册应加快编研和出版进度;资源调查与分类学研究需进一步加强,按分类群(专科、专属)继续开展编研工作,注重拟参编类群的前期研究积累;以下分类群值得在后续工作中予以关注：水霉目等部分卵菌、壶菌类、座囊菌纲部分类群、盘菌纲和锤舌菌纲中尚未参编的主要类群、伞菌纲中具有小型子实体的类群等。由于分类系统在不断更新和完善,已出版卷册中使用的部分名称和分类地位的处理需依据被大多数学者所公认的分类系统给予适时的订正。期待建设一支继往开来的菌物分类学研究队伍,不断取得令世人瞩目的编研成果,为我国菌物资源利用和物种保护提供科学依据。     

NP配施对平茬后云南松苗木N、P、K化学计量比的影响

为了解NP配施对平茬后云南松（Pinus yunnanensis）苗木各器官N、P、K化学计量比的影响,分析云南松苗木不同器官（根、茎、叶、萌条）的ω（N）∶ω（P）、ω（N）∶ω（K）、ω（P）∶ω（K）化学计量比的季节变化特征,探讨各器官间N、P、K化学计量比的相关性及其变异来源。采用N、P二因素三水平的3×3回归设计开展不同施肥试验,并对苗木采样测定,研究NP配施对平茬后云南松根、叶、茎及其萌条N、P、K化学计量特征的影响。结果表明：平茬后云南松苗木不同器官的营养元素分配没有统一的规律,展现出丰富的变异。随着施肥季节的变化, ω（N）∶ω（P）在根、茎和萌条中逐渐下降,在叶中先下降后上升,但总体差异不大。单施N肥、P肥和NP配施均对云南松苗木生长的影响产生一定差异,总体来看NP配施更有利于促进苗木的生长,且以处理5（N₁P₁）表现为极显著（P<0.01）。云南松苗木各器官N、P、K化学计量比主要受N×P交互作用的影响,其次是N,影响最小的是P。除在根和叶中ω（N）∶ω（P）与ω（N）∶ω（K）之间相关性发生改变之外,其余两两间的正负相关性均保持不变,而 ω（N）∶ω（P）与ω（P）∶ω（K）、ω（N）∶ω（K）与ω（P）∶ω（K）的相关性均随着施肥季节的变化相关性发生改变,且相关系数降低,分别受P和K的调控。平茬改变植株体内的营养元素含量,不同施肥处理促使云南松各器官中N、P、K化学计量特征差异极显著（P<0.01）。NP配施可以有效缓解单施N肥、P肥对植株的限制作用,使养分处于一个平衡状态,从而满足植株对生长的需要。     

专一识别脱落酸甲酯的单克隆抗体的制备与应用

专一识别２－顺（Ｓ）ＡＢＡ甲酯的单克隆抗体来源于以ＡＢＡ分子中的１－ＣＯＯＨ为偶联位点合成的免疫原。它与游离态ＡＢＡ和结合态ＡＢＡ葡萄糖酯的交叉反应仅分别为１％与３．５％,而与ＡＢＡ类似物,如２－顺－黄质醛、紫黄质以及ＡＢＡ的２－反式异构体和（Ｒ）－对映体则无交叉反应。利用该抗体建立的高度灵敏和精确的ＡＢＡｍｅ酶联免疫测定法,其检测线性范围为０．０４８～１．５２ｐｍｏｌ。通过ＡＢＡｍｅＥＬＩＳＡ和ＧＡ１＋３ＥＬＩＳＡ分析可知羊蹄叶片衰老与内源ＧＡ１＋３／ＡＢＡ比值的下降有关。     

白细胞介素－2中某些残基替换对活性的影响

用基因定点突变法研究了白细胞介素－２（ＩＬ－２）中某些氨基酸对生物活性的影响。将ＩＬ－２中３９Ｍｅｔ和４３Ｌｙｓ分别改为Ｐｒｏ,企图破坏此处α螺旋,突变体的ＣＤ图谱和生物活性均,不变,说明此处可能原来就不存在α螺旋．而将５２Ｇｌｕ．５３Ｌｅｕ,５４Ｌｙｓ分别改为Ｐｒｏ后,ＣＤ谱发生了变化,生物活性也显著下降。表明这些氨基酸处在α螺旋中,将它们改为Ｐｒｏ后,影响了ＩＬ－２的结构,并导致活性下降     

用ribozyme抑制增殖细胞核抗原的表达对HaLa细胞增殖的影响

增殖细胞核抗原(PCNA)是DNA聚合酶δ的辅助蛋白,它是细胞染色体DNA复制所必需的。人工设计的ribozyme具有可特异地切割PCNA mRNA的性质,将此ribozyme的自修剪体内表达质粒导入HeLa细胞,从细胞总RNA中分离相应部分能在体外切割靶RNA片段,证明此表达质粒在细胞内能表达出有活性的ribozyme分子。与对照相比,导入ribo-zyme表达质粒的HeLa细胞进入S期的时间从12 h推迟到20 h,而突变ribozyme的对照表明反义抑制对细胞进入S期的影响较小(推迟到15 h)。证明该ribozyme能有效抑制He-La细胞DNA复制,同时亦证明PCNA对于细胞DNA复制及细胞周期进程的重要性。